el que me pueda AYUDAR!!!!

esta tarea es compleja dependiendo del codigo que se vaya a migrar por ejemplo, si tengo una aplicacion compilada en vb6 no funionara en linux de entrada aunque se podria utilizar un emulador pero su configuracion no es sencilla en linux, la forma mas sencilla y no es tan sencilla es que la aplicacion este echa en c puro de esta forma se podria adptar a todas las plataformas, como es una tarea compleja y por ello en muchos softwarev encontraras que solo funciona en windows y no linux por ejemplo debido aque el software ha sido compilado en plataformas windows y no linux.
lo otro es dependiendo del software crearla en ambiente web de forma cualquier pesona podria utilizar tu aplicacion desde cualquier lugar aunque el software de escritorio puede ofrecer otras funcinalidades que no encontran todavia en la web pero actualmente la maria de empresas estan llevando sus procesos a la web ya que es mas economico

no es asi si tienes un codigo en frame de ms te fncionara igual en mono de linux tienes que especificar en que lenguaje esta el codigo fuente.

si es en c++ corre donde sea, lo mismo que c#, ahora si quieres.

ahora si es lo contrario y lo tienes en shell y quieres ejecutarlo en windows puedes instalar cywin para corerlo como si estuvieras en linux sin problemas .

especifica en que lenguage tienes el codigo tal vez te pudena ayudar mejor.

lo mas facil para eso es traducir el codigo a java, c++ corre bajo linux y windows pero la compilación es distinta, y el soporte para c# en linux y unix no es completo, por lo que java es la mejor opcion, corre en maquina virtual en windows y linux bajo cualquier arquitectura y nativamente en solaris

Dependiendo de lo que quieras lograr... lo más posible es que uses un lenguaje de programación que sea interpretado (ej: PHP) o que corra sobre una máquina virtual (ej: Java).