no es asi si tienes un codigo en frame de ms te fncionara igual en mono de linux tienes que especificar en que lenguaje esta el codigo fuente.

si es en c++ corre donde sea, lo mismo que c#, ahora si quieres.

ahora si es lo contrario y lo tienes en shell y quieres ejecutarlo en windows puedes instalar cywin para corerlo como si estuvieras en linux sin problemas .

especifica en que lenguage tienes el codigo tal vez te pudena ayudar mejor.