esta tarea es compleja dependiendo del codigo que se vaya a migrar por ejemplo, si tengo una aplicacion compilada en vb6 no funionara en linux de entrada aunque se podria utilizar un emulador pero su configuracion no es sencilla en linux, la forma mas sencilla y no es tan sencilla es que la aplicacion este echa en c puro de esta forma se podria adptar a todas las plataformas, como es una tarea compleja y por ello en muchos softwarev encontraras que solo funciona en windows y no linux por ejemplo debido aque el software ha sido compilado en plataformas windows y no linux.
lo otro es dependiendo del software crearla en ambiente web de forma cualquier pesona podria utilizar tu aplicacion desde cualquier lugar aunque el software de escritorio puede ofrecer otras funcinalidades que no encontran todavia en la web pero actualmente la maria de empresas estan llevando sus procesos a la web ya que es mas economico