Ubicado al centro sur del Cerro Trozado,el Panteon municipal de Santa Paula fue inaugurado el 13 de marzo de 1861 y aunque no estaba terminado, se puso en funciones apartir de esa fecha. El panteon municipal de Santa Paula es un lugar de magica y misteriosa atmosfera que por la belleza de sus nichos , tumbas y mausuleos nos transportan en el tiempo y el espacio hechando a volar la imaginacion del cauteloso he incredulo visitante.De sus entrañas provienen los cuerpos momificados que se exiben en el museo de las momias de Guanajuato. El 9 de junio de 1865 ante el asombro de los sepultureros fue exhumado el cuerpo momificado del medico frances ,Dr. Remigio Leroy, en el nicho 214 de la primera serie del panteon. Este es el primero y por ende el mas antiguo de la coleccion del museo de las momias de guanajuato.En sus inicios , las visitas a las catacumbas al panteon de Santa Paula para observar los cuerpos momificados se reaalizaban de manera informal y clandestina; practica basada en el creciente interes de los turistas quienes eran atraidos`por el misticismo y la curiosidad. Hoy en dia el museo de las momias de Guanajuato cuenta con un espacio de exhibicion en el cual se cuenta con mas de 100 momias que se han encontrado en el panteon de Santa Paula y son un atractivo de la ciudad de Guanajuato. La exposicion cuenta con un video introducctorio del significado de la muerte para los mexicanos y la forma de reconocerla.
Las momias de Guanajuato son cuerpos momificados naturalmente enterrados en su mayoría durante un brote de cólera en Guanajuato, México en el año 1833 convertidos actualmente en una de las mayores atracciones turísticas del estado mexicano exhibidas en el “Museo de las Momias de Guanajuato”.
En muchos cementerios municipales se requiere un pago por el derecho a sepultura si no se tiene contratada la perpetuidad, así en el año de 1865 del Panteón de Santa Paula se exhumó el primer cuerpo momificado ya que, la fosa en la que yacía no tenía registrados los pagos pertinentes. Desde entonces y hasta 1958 continuaron los descubrimientos de cuerpos momificados debido a las especiales condiciones del subsuelo del lugar, sumadas a la presencia de nitratos y alumbre.
En el año de 1900 las momias crecían en número comenzando a atraer curiosos quienes a cambio de unos pesos accedían al almacén donde estas se encontraban. Descubriendo su potencial como atracción turística, el gobierno estatal transformó ese antiguo almacén en el citado museo que actualmente alberga solo 54 cuerpos, ya que los demás cuerpos han sido prestados a diferentes países, como son Estados Unidos, China, entre otros. Y hasta el momento no los han devuelto.