Antes que nada, recomiendo bajar un LiveCD que os puede sacar de más de un apuro y más de dos, y que contiene la mayoría de las herramientas que os voy a recomendar. Se trata del Hiren’s BootCD.
Lo primero que hay que hacer cuando Windows empieza a tambalearse es ejecutar el CHKDSK (el que por allí por Windows 98 se llamaba SCANDISK). En mi caso, había un problema: Windows no llegaba a iniciarse, y sin Smint no hay beso. Esto significaba que los sectores defectuosos se encontraban al principio del disco: mal rollo… Así que nada, metemos el LiveCD, arrancamos, y ejecutamos una herramienta llamada NTFS Dos Pro, que lo primero que hace es ejecutar CHKDSK. En este punto ya confirmé que había sectores defectuosos, pero como la herramienta en cuestión es estúpida, no hace nada con ellos.

te dejo la fuente que esta mas completo:

http://www.enchufa2.es/archives/disc...fectuosos.html