El sorteo de los dieciseisavos de final, que se disputarán el 16 y el 23 de febrero, incluye a los dos primeros clasificados de cada uno de los 12 grupos más los ocho equipos que hayan terminado en la tercera plaza de sus respectivos grupos de la UEFA Champions League.
Los primeros de grupo de la UEFA Europa League son todos cabezas de serie, junto a los cuatro clasificados de la UEFA Champions League con mejor récord de su grupo. Los otros cuatro provenientes de la competición élite y los segundos clasificados de grupo de la UEFA Europa League están en el bombo de los no cabezas de serie y son sorteados en primer lugar, lo que significa que jugarán el partido de ida en casa. No pueden estar emparejados con los ganadores de su grupo o clubes de su misma federación.
Cabezas de serie
PAOK FC, R. Standard de Liège, PSV Eindhoven, Sporting Clube de Portugal, Beşiktaş JK, Athletic Club, FC Metalist Kharkiv, Club Brugge KV, Club Atlético de Madrid, FC Schalke 04, FC Twente, RSC Anderlecht, Manchester City FC*, Manchester United FC*, Valencia CF*, Olympiacos CF*
No cabezas de serie
FC Rubin Kazan, Hannover 96, Legia Warszawa, S.S. Lazio, Stoke City FC, FC Salzburg, AZ Alkmaar, SC Braga, Udinese Calcio, FC Steaua Bucureşti, Wisła Kraków, FC Lokomotiv Moskva, Trabzonspor AŞ*, AFC Ajax*, FC Porto*, FC Viktoria Plzeň*
El sorteo de octavos de final, que se disputarán el 8 y el 15 de marzo, es el siguiente y no hay cabezas de serie. Las 16 bolas con los papeles 'ganador del partido 1' hasta el 'ganador del partido 16' son colocadas en un bombo y son removidas. El equipo que salga en primer lugar jugará su primer partido en casa ante el sacado en segundo lugar. El mismo procedimiento se repetirá con el resto de encuentros. No hay restricciones en este sorteo.