El equipo disputó el primer partido de su historia en la plaza 7 de Abril (actual Parque Almendra), y tras su admisión en la Liga de Fútbol del Atlántico en 1926, empezó a utilizar el Estadio Moderno ubicado en el popular barrio Montes de Barranquilla (calle 30 con carrera 24), que contaba con capacidad para 1000 espectadores. El Moderno es reconocido por albelgar en 1926 el primer partido internacional en la historia del fútbol colombiano, entre una selección de Costa Rica y una selección del Atlántico, en el cual se impusieron los locales 4-1. En una visita a Barranquilla en 1972, Pelé colocó una placa en el estadio, en donde se programaba su adecuación y remodelación. El 29 de julio de 2006 fue declarado patrimonio cultural y deportivo de la Nación.


En 1934, Junior se trasladaría al recién levantado Estadio Municipal Romelio Martínez, construído con motivo de los Juegos Atléticos Nacionales de 1935. Ubicado entre las calles 72 y 74 con carreras 44 y 46, su capacidad inicial era de 10.000 espectadores y cuenta con una estructura de madera soportando la cubierta de la gradería con ornamentación estilo Art Deco








Desde la llegada del fútbol profesional a Barranquilla en 1948 se hizo evidente la necesidad de ampliar el escenario para albergar a todos los hinchas, que en muchas ocasiones rebasaban la capacidad del Romelio Martínez, obligándose a hacer largas filas a la entrada desde las primeras horas del día. No fue sino hasta principios de la década de 1970 que se proyectó la ampliación del estadio Romelio Martínez con la construcción de nuevas graderías para el escenario deportivo, necesidad que había quedado de manifiesto tras el retorno de Junior al campeonato de fútbol colombiano en 1966. Sin embargo, un error arquitectónico obligó a reducir la calle 72 (aledaña al estadio) para poder concluir las obras. Después de algún tiempo se decidió demoler la tribuna nueva aún inconclusa en medio de fuertes críticas, por esta razón la prensa local la llamó la "tribuna de la vergüenza".16 Actualmente el estadio cuenta con capacidad para 15000 espectadores y sólo se utiliza para partidos de del equipo Barranquilla Fútbol Club de la Categoría Primera B.


Debido a la gran cantidad de dinero que se gastó en la obra fracasada de ampliación de la entonces sede de Junior, y a estudios posteriores que mostraron la imposibilidad de realizar una adecuada ampliación a dicho escenario, se decidió construir el Estadio Metropolitano Roberto Meléndez. Su construcción tardo 6 años y costó 1500 millones de pesos colombianos


Ubicado en la Avenida Circunvalar con Calle Murillo, en la ciudad de Barranquilla, el Estadio Metropolitano es considerado el estadio más importante de Colombia, debido a los éxitos históricos cosechados por la selección nacional en éste. Inaugurado el 11 de mayo de 1986 con capacidad de 60.000 espectadores, ha sido sede de la Selección Colombia en las eliminatorias a los mundiales de Italia 1990, Estados Unidos 1994, Francia 1998 y Alemania 2006, clasificando a los tres primeros.


El estadio tiene cinco tribunas: Sur, donde se ubica la barra Frente Rojiblanco Sur, Norte, donde se ubica la banda de los Kuervos, Oriental, donde se ubica la barra Fuerza Tiburona, Occidental general y Occidental numerada. Todas tienen alta y baja menos la numerada. Posee además cuatro camerinos, ocho baños, 27 cabinas de radio, parqueadero con capacidad para 1.500 vehículos. Dimensiones de la cancha: 110 m por 75 m.


El estadio recibió su nombre en honor al jugador Roberto "El Flaco" Meléndez, uno de los más grandes futbolistas históricos de Colombia.
El estadio Metropolitano fue una de las sedes principales en la Copa América 2001, en él se realizó la ceremonia de inauguración en la cual se presentó un colorido desfile y una coreografía, y en él se disputaron los 6 partidos del grupo A en el cual participaron las selecciones de Colombia (campeona), Venezuela, Chile y Ecuador. Estos partidos se realizaron entre el 11 de julio y el 17 de julio de 2001.
En el estadio Metropolitano se realizó el partido de despedida de Carlos Valderrama el 1 de febrero de 2004, en el cual estuvieron presentes los jugadores Diego Maradona, José Luis Chilavert, Enzo Francescoli, Alberto Acosta, Mauricio Serna, Faustino Asprilla, Arnoldo Iguarán, Leonel Álvarez y el popular cantante Carlos Vives.









En el mes de julio de 2006 el estadio Metropolitano fue sede de los XX Juegos Centroamericanos y del Caribe.