Pelea por el descenso

Tras en una serie de malas campañas, en 2008 Junior se encontraría peleando por mantener la categorìa, y en quizás uno de los peores momentos de su historia, el club llegó a estar a 12 puntos del segundo candidato al descenso. Por esto Junior realizó la rimbombante contratación del experimentado Giovanni Hernández, quien sería el principal catalizador de la resurrección del equipo. Además se concretó el retorno de Hayder Palacio (quien dejaría nuevamente el club en 2011, ostentando el récord de partidos disputados con Junior), y seis meses después el de Martín Arzuaga.
En 2009, con Junior fuera de la zona de descenso, continuaría el resurgimiento del equipo con la aparición de nuevas figuras como Teófilo Gutiérrez y Carlos Bacca. Con Hernández a la cabeza, estableciendo el récord de asistencias en un torneo corto con 14, el club alcanzó la final de la Copa Mustang I. Sin embargo, Once Caldas frenaría el regreso de Junior a la cúspide, al vencerlos 5-2 en el marcador global. La desconcertante derrota propició un clima hostil, y los alrededores del Estadio Metropolitano serían escenario de disturbios por parte de hinchas radicales del equipo. Junto a esto, los constantes ataques verbales contra los jugadores en los días después del partido culminaron en el asesinato de un fanático a manos del mediocampista Javier Flórez.




A final de temporada Junior terminó líder en reclasificación y clasificó a su undécima Copa Libertadores. Sin embargo, el colombo-uruguayo Julio Comesaña, técnico desde 2008, sería despedido y remplazado por Diego Umaña. Por su parte, el goleador del torneo Teófilo Gutiérrez sería traspasado al Trabzonspor de Turquía.