Sequía de títulos

En 1984 Junior juega la Copa Libertadores, donde quedan eliminados nuevamente en la fase de grupos. A final de temporada se marcha Edgardo Bauza y a partir de ahí empieza una sequía de 8 años sin participaciones internacionales, 9 sin títulos ni subtítulos y 10 sin participar en la Copa Libertadores. Por esta época pasaron por el equipo distintas figuras como el peruano Julio César "El Emperador" Uribe en 1986, Iván René Valenciano en 1988, Miguel "El Niche" Guerrero en 1989-1990, José María Pazo, Víctor Danilo Pacheco y Oswaldo Mackenzie, los tres en 1990 y Javier Ferreira en 1991. Es de destacar que en esta época (1986) el equipo se mudó del viejo estadio Municipal Romelio Martínez al colosal estadio Metropolitano. También para destacar se menciona el haber ganado la Copa Ciudad de San Cristóbal en 1984.
En 1992 termina la sequía de participaciones internacionales al clasificar a su primera Copa Conmebol al quedar terceros en el torneo de 1991. Al final del torneo de 1991 se marchan del equipo Javier Ferreira (considerado el mejor jugador extranjero del año), Oswaldo Mackenzie y Alexis Mendoza. También, al final de la temporada, Iván René Valenciano termina como goleador del torneo con 23 goles.
Para la Copa Conmebol Junior contrata a Arnoldo Iguarán, quedando eliminados del torneo en los cuartos de final a manos del Atlético Mineiro de Brasil, en la que hasta ese momento era la mejor participación internacional del equipo. Hay que resaltar que en este torneo, Junior propinó su mayor goleada en un torneo internacional: 6-0 en Barranquilla contra Sport Marítimo de Venezuela por los octavos de final.