Era profesional Los Miuras
En
1948 se inscribe como
Atlético Junior para participar en el
primer torneo profesional colombiano. Junior termina subcampeón del torneo, terminando cuatro puntos por debajo de
Santa Fe. De este torneo se destacan las victorias 8-3 sobre
Medellín y 6-0 sobre Once Deportivo, ambas en
Barranquilla.
3 Al año siguiente es requerido por la Adefutbol para representar nuevamente a
Colombia en el
Campeonato Sudamericano 1949, terminando último con solo 2 puntos, resultado de dos empates y 5 derrotas. Este hecho le causó problemas con la
DIMAYOR, quien le impidió jugar el
campeonato colombiano de 1949. Luego de este hecho, Junior regresó con varias estrellas brasileñas y colombianas para disputar los torneos colombianos de
1950,
1951,
1952 y
1953, destacando entre sus filas el famoso arquero
Efraín "El Caimán" Sánchez, sin embargo, los resultados no fueron buenos y teniendo como mejor resultado un sexto puesto en
1952,
4 Junior debió retirarse de la
DIMAYOR al final de
1953 por problemas económicos, pasando a jugar nuevamente en el torneo aficionado de la Liga de Fútbol del
Atlántico por 13 años aunque en
1964 gana el torneo de la Liga Profesional de Fútbol del Norte.
El Regreso al Profesionalismo
En
1966 Junior vuelve a la
primera división después de 13 años de jugar en la Liga de Fútbol del
Atlántico. En este primer torneo después de 13 años de ausencia, Junior termina 8° con 53 puntos.
5 Para el año siguiente Junior se armó mejor, contratando jugadores brasileños y destacándose la presencia en el equipo del otrora ídolo del fútbol brasileño:
Garrincha, que solo jugó un partido, contra
Santa Fe en
Barranquilla, llenándose el estadio solo para verlo jugar a él. Al final del torneo Junior termina quinto con 59 puntos.
6
En
1970 llega al equipo Jesús "El Toto" Rubio y Junior logra su segundo subcampeonato, por detrás del
Deportivo Cali, igualándolo en puntos pero perdiendo por diferencia de goles, logrando su primera clasificación a
Copa Libertadores7 En esta
Copa Libertadores queda eliminado en la fase de grupos al quedar último, jugando su primer partido en Copa frente a
Deportivo Cali con victoria juniorista 2-1.
Comienza la era Char 
En
1972,
Fuad Char, trayendo como gran contratación al goleador brasileño Víctor Ephanor y para el
torneo de 1973 trae al goleador uruguayo
Nelson Silva Pacheco procedente del
Cúcuta Deportivo y quien al final del torneo termina como goleador con 35 goles. También trae a los defensas Gabriel Berdugo y Dulio Miranda (quien solo se quedaría ese año), jugadores insignes del equipo. Al siguiente año, el goleador es Víctor Ephanor quien hace 33 goles, uno más que el goleador del
Deportivo Cali Arístides del Puerto.
En
1975 llega el considerado mejor arquero de Junior en la historia: Juan Carlos Delménico y se marcha el goleador del año anterior Víctor Ephanor junto a Jesús "El Toto" Rubio y vuelve al equipo Dulio Miranda. Al
siguiente año llega al equipo
Juan Ramón Verón y al final se marcha el uruguayo Nelson Silva Pacheco.