El siguiente codigo lo probe en netbeans y funciona perfecto.

public class matriz {

public static void main(String[] args) {
int[][] matriz = new int[5][5];
int[] vector = new int[matriz.length];
for (int i = 0; i < matriz.length; i++) { //llena la matriz pidiendo valores al usuario
for (int j = 0; j < matriz.length; j++) {
String valor = JOptionPane.showInputDialog("Ingrese valor");
matriz[i][j] = Integer.parseInt(valor);

}


}
for (int i = 0; i < matriz.length; i++) {
for (int j = 0; j < matriz.length; j++) {
if (i == j) { //pregunta si la fila es i es igual a la columna j
vector[j] = matriz[i][j]; //guarda en la posicion j el valor que hay en la posicion i,j
}
System.out.print(matriz[i][j] + " "); //imgprime la matriz con los valores ingresados

}
System.out.print("\n");
}
System.out.print("\n");
for (int i = 0; i < matriz.length; i++) { //imprime el vector de la diagonal principal
System.out.print(vector[i]);
}
System.out.print("\n");
}
}