Porque el fondo de esta discusión es que cualquier debate sobre un tratamiento judicial especial para los militares involucrados en violaciones a los derechos humanos y el Derecho Internacional Humanitario lleva, al igual que ha ocurrido con los grupos armados, a plantear cuál debe ser la contrapartida de ese trato más favorable. Michael Reed, del Centro Internacional para la Justicia Transicional, cree que "ahora es un buen momento para llevar adelante un debate sobre la violencia que se cometió en el paí,s que vaya más allá de los grupos armados ilegales. Un debate en el que no se ejerza la negación de la responsabilidad estatal en temas centrales como el paramilitarismo o en la utilización del poder público en acciones de represión ilegal. Requiere un compromiso político muy valiente porque van a salir verdades incómodas, con potencial de desestabilización, pero que van a terminar promoviendo una noción de justicia más completa y robusta". Ese es justamente un gran riesgo. Este debate se daría en el fragor del conflicto, con bandas criminales, guerrilla y neoparamilitares, quienes no vacilarán en utilizar cualquier verdad incómoda y acto de contrición del Estado como un instrumento de guerra para seguir socavando la democracia.
Lo que está sobre el tapete es hasta dónde el país decide llegar en la exploración de lo que ha pasado en estos cuarenta años de conflicto armado y cuán dispuesta está una institución central del Estado y punta de lanza en esta guerra, como las Fuerzas Armadas, a permitir el escrutinio público sobre conductas indebidas de algunos de sus miembros, en lugar de solo buscar preservarlos en la justicia ordinaria.
Muchos militares se sienten mal defendidos y tratados injustamente cuando se les compara con los paramilitares que están en Justicia y Paz o con guerrilleros que hace veinte años se desmovilizaron. Pero, por otro lado, escándalos como la complicidad de ciertos sectores de la Fuerza Pública con el paramilitarismo o episodios como los 'falsos positivos' muestran que existen problemas de fondo. La gran pregunta es si los militares aceptarían, a cambio de un tratamiento judicial especial, que sus oficiales implicados contaran sin tapujos verdades que pondrían a más de uno en aprietos.