Bueno, probe tu consejo y no funciono, al iniciar el mini Linux daba I/O Error en varios sectores, tardo lo menos una hora en poder iniciar el Linux a causa de los fallos de la unidad supongo. Tambien prove con varios de los programas y nada, alguno llegaba a leer hasta 13 gigas solo como escaner, a partir de ahi la unidad se desconecta dando un error de lectura.

No se, pero no parece ser un error mecanico, el disco duro no hace ruidos ni nada por el estilo, parece estar en buen estado, asi que he supuesto que lo que esta realmente mal es el sistema de archivos, o no se, pero me estoy volviendo realmente loco con esto.