Cuando estes iniciando el pc le das varias veces la techa "Supr" antes de que empiece a cargar el Windows (casi en todos los pcs es esta tecla, eso depende de tu board) y dentro de la Bios debes buscar las unidades y ahi debes configurar para que aparezcan las dos, no te puedo ayudar mucho con este punto porque las plataformas de las bios todas son muy diferentes. Otra cosa importante que debes tener en cuenta es que para conectar los dos discos duros, uno debe ser master y el otro esclavo, yo creo que eso es lo que te esta pasando (Igual debes configurar todo en la Bios). Para poner uno esclavo y el otro maestro te fijas en la informacion que tiene el disco duro y ahi te indican como debes poner un pin que tiene eso... dependiendo de la posicion de este pin se le asigna la calidad de esclavo al uno de los discos... y Uala!!...

Parce ojala me entiendas, la verdad no se si si me hice entender....