2005 - 2008
Tras la última participación del Once Caldas en la Copa Libertadores 2005. El equipo ha estado inmerso en una gran inestabilidad política y futbolística, haciendo que el equipo no tenga participaciones destacadas dentro o fuera de Colombia.
El Once Caldas volvió aparecer en el panorama colombiano llegando a la final de la Copa Colombia 2008, para llegar a la instancia definitiva, el Once Caldas eliminó en las fases definitivas al Boyacá Chicó y al Expreso Rojo. El título finalmente lo perdería contra el equipo bogotano de La Equidad. Perdiendo en el partido de ida 1-0 y luego empatando 3-3 en Manizales, convirtiendo a La Equidad en el campeón con el resultado global de 4-3.[20] Debido a los malos resultados y al no cumplir el objetivo de clasificar al Once a un campeonato internacional, el técnico Jorge Luis Bernal salió del cargo.[21] Su reemplazo, regresando para cumplir una nueva etapa en el club es Javier Álvarez.[22]
Tercer título


En el Torneo Apertura 2009 el Once Caldas tuvo un comienzo irregular en la fase de todos contra todos, pero finalmente clasificó octavo con 29 puntos para los Cuadrangulares semifinales, tras vencer 1-0 al Independiente Medellín en Manizales en el último partido. El Once Caldas quedó emparejado en el Grupo A junto a La Equidad, Deportes Tolima y Boyacá Chicó.
Finalmente el 21 de junio de 2009 el Once Caldas derrotó 2-3 al Boyacá Chicó en Tunja, duelo que debió remontar el Once Caldas luego de ir en desventaja de 2-1, gracias a dos goles del peruano Johan Fano (máximo goleador del equipo con 13 goles). Así, el equipo 'Blanco', con 10 puntos, fue primero de su grupo y clasificó a disputar la gran final contra el vencedor del Grupo B, el Junior,[23] repitiendo la final del Apertura 2003 que ganó el Once Caldas. La primera final se jugó en Manizales, con marcador final de 2-1 a favor del equipo blanco con goles de Nondier Romero y Johan Fano, y descontaría Giovanni Hernández por el equipo barranquillero. La vuelta se jugó en Barranquilla, en donde el partido terminó 1-3 a favor del Once Caldas con goles de Alexis Henríquez, Alex Sinisterra y Dayron Pérez, quedando el resultado global de la eliminatoria 2-5, coronándose el Once Caldas campeón por tercera vez en su historia