Parcero revisa bien la sintaxis del comando CHKDSK no vaya ser que estas escribiendo algo mal, depronto el slash o despues.....

Esta es la ayuda de windows acerca del comando...

C:\>chkdsk /?
Comprueba un disco y muestra un informe de estado.

CHKDSK [volumen[[ruta]archivo]]] [/F] [/V] [/R] [/X] [/I] [/C] [/L[:tamaño]]
volumen Especifica la letra de unidad (seguida por dos puntos), el punto de montaje o el nombre de volumen.
archivo sólo para FAT/FAT32: especifica los archivos donde comprobar la fragmentación .
/F Corrige los errores del disco.
/V Para FAT/FAT32: muestra la ruta completa y el nombre de cada archivo en el disco.
Para NTFS: muestra mensajes de limpieza si hay.
/R Encuentra sectores dañados y recupera la información legible (implica /F). (ESTA ES OPCION RECOMENDADA EN TU CASO)
/L:tamaño Sólo para NTFS: cambia el tamaño del archivo de registro al número especificado de KB. Si no se especifica ningún tamaño, muestra el tamaño actual.
/X Obliga al volumen a desmontarse previamente si es necesario. Todos los identificadores abiertos al volumen no serán válidos (implica /F).
/I Sólo para NTFS: realiza una comprobación menos exhaustiva de entradas de índice.
/C Sólo NTFS: omite la comprobación de ciclos dentro de la estructura de carpetas.

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