Estimado, una buena solucion es utilizar cualquier Live CD que contenga la aplicación
HDD REGENERATOR por ejemplo el
Hirens Boot CD.
http://www.hiren.info/pages/bootcd
Esta no solamente arregla sectores dañados del disco, si no que también corrige problemas que generan el tipo de problemas que comentas.
Si no funciona, hay que utilizar el sistema de restauracion del Windows que poseas.
Espero que te sirva.