El Villarreal, que finalizó en séptima posición la Liga y tras conocerse que la victoria del Sevilla en la Copa del Rey no otorgaría una plaza más al fútbol español en la Liga de Europa, no participará en ninguna competición europea nueve temporadas después.
El conjunto villarrealense debutó en el viejo continente en la Copa Intertoto de la temporada 2001-2002 en una eliminatoria ante el Hafnarfjördur islandés e incluso alcanzó la final en la que cayó ante otro conjunto español, el Málaga.
Desde entonces, el equipo castellonense no había faltado a su cita con Europa: 2003-2004, 2004-2005, 2006-2007 a través de la Intertoto; 2005-2006 y 2008-2009 Liga de Campeones; 2007-2008 y 2009-2010 UEFA-Liga de Europa.
En este tiempo el Villarreal ha disputado dos semifinales europeas (Champions en 2005-2006 y UEFA en 2003-2004) y ha conquistado el título de la Intertoto en dos ocasiones: temporada 2003-2004 al imponerse al Heerenveen holandés por un 2-1 global y en la 2004-2005 al Atlético de Madrid por penaltis tras empatar 2-2 en la eliminatoria.
Una competición que también le ha reportado sinsabores como la eliminación en la primera ronda de la campaña 2006-2007 a manos de un débil Maribor esloveno que se impuso por 1-2 en El Madrigal y empató 1-1 en su estadio.
La mejor temporada europea de su historia fue la protagonizada en 2005-2006 cuando alcanzó las semifinales de la Liga de Campeones, en su debut en la competición, de las que fue eliminado por el Arsenal inglés.