Digimon Tamers es la tercera temporada de Digimon diferente a la de su predecesora, un mundo parecido al nuestro donde los Digimon son una franquicia de juguetes y una serie de TV. Un grupo de niños de 10 años, Takato, Henry y Rika, se alían con sus propios Digimon, para poder detener a los Digimon Salvajes que intentan invadir el Mundo Real, y detener a una sombría organización del gobierno, que también va contra los Salvajes, aunque con propósitos diferentes.
Cuando Takato desliza una extraña carta azul en su lector de cartas, este se transforma en un D-Arc, y luego escanea los dibujos de Takato, dando así origen Guilmon, un extraño Digimon. Henry conoció a su Digimon (Terriermon) después de que este saliera del monitor de su ordenador mientras jugaba un juego de PC. Rika conoce a Renamon, cuando esta aparece en el Mundo Real para volverse más fuerte, ya que Rika era famosa por su habilidad en el juego de cartas. Otros Tamers, como Juri, Kazu y Kenta (compañeros de clase de Takato), Susie (hermana menor de Henry) y Ryo (rival de Rika, a la cual venció en la final del torneo de cartas) son introducidos más adelante en la serie. Además de los personajes humanos, en la serie hay dos Digimon principales que no tienen nada que ver con los humanos: Calumon, un extraño Digimon que posee la habilidad de hacer que los Digimon evolucionen, e Impmon, un Digimon solitario que abandonó a sus Tamers al ver como estos lo maltrataban, y se le pasa gastando bromas a todo el mundo.
Durante la serie, los chicos deben luchar contra los Digimon Salvajes que quieren llegar al Mundo Real, y aprenden de la existencia de Hypnos, una organización gubernamental dirigida por Yamaki, quien quiere evitar a toda costa que entren Digimons Salvajes en el Mundo Real, sin importar los medios. Posteriormente, los chicos tienen que ir al [Digimundo] ya que los Devas, sirvientes de los Dioses Digimon, capturan a Calumon. Allí, los chicos conocen a las Bestias Sagradas, y se enteran de la existencia de un programa llamado D-Reaper, que tiene el poder de borrar la vida Digital. Cuando el D-Reaper se hace tan fuerte como para destruir ambos mundos (el real y el digital), los Tamers, Hypnos y los Digimon deben unir fuerzas para detenerlo.
01 - El nacimiento de Guilmon - El digimon que yo inventé 02 - Eres mi amigo - La apricion de Terriermon 03 - Gilmon contra Renamon - Los digimon viven para luchar 04 - La prueba de los entrenadores - Derrotemos a Gorimon 05 - Calu, Calu, Calu - Juega con Calumon 06 - El significado de ser compañeros - Renamon digievoluciona 07 - Guilmon corre peligro - Una aventura en mi barrio 08 - Guilmon digievoluciona 09 - Growlmon regresa a la normalidad 10 - La confucion de rica 11 - La pelea de un minuto con treinta 12 - La amistad entre rica y renamon 13 - Un mal presentimiento 14 - La evolucion especial de WarGrowlmon 15 - Panico en el subterraneo 16 - Los digimon corren peligro en su 1r campamento 17 - Rapidmon mas veloz que un rayo 18 - Tahomon al resplandor de la luna 19 - Impmon quiere volverse más fuerte 20 - La carta azul de la amistad 21 - Mi príncipe Leomon 22 - La aparición de Vikaralmon 23 - El contra ataque de los digimon's 24 - El viaje rumbo al digimundo 25 - La llegada al digimundo 26 - Gigimon y Babamon 27 - La digievolucion de impmon 28 - Ryo Akiyama, el tamer legendario 29 - La mansion de los fantasmas 30 - Un aviso de emergencia desde el digimundo 31 - Hirokazu se convierte en tamer 32 - El espacio acuático 33 - susi va al digimundo 34 - La muerte de leomon 35 - La etapa mega de guilmon 36 - Galadmon VS belzemon 37 - La digievolucion de megagargomon 38 - Se pone en marcha el autentico enemigo-La guerra de las 4 bestias sagradas 39 - Un hipercampeon que baila en el aire - La digievolucion de Sakuya 40 - La Evolucion resplandeciente 41 - El regreso al Mundo real 42 - La ciudad atacada por deReaper y la decisión de los entrenadores 43 - Corazones unidos - El renacimiento de Beelzemon 44 - La chica misteriosa - Dobermon, El portador de un milagro 45 - Enfrentandose a de Reaper - Entramos en la zona 46 - La aparición de Justimon 47 - Salvad a Gallantmon - El despegue de emergencia de Grani 48 - La fuerza para proteger a Jen - El puño de Beelzemon 49 - La Destrución De La Capital y El Deseo De Calumon 50 Gallantmon Un Caballero Rojo, Hay Que Salvar A Los Que Queremos [Parte 1] 50 Gallantmon Un Caballero Rojo, Hay Que Salvar A Los Que Queremos [Parte 2] 51 - El poder de nuestros sueños