Gracias Flébil

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El origen de esta palabra, común con el catalán, se considera incierto, pero es muy probable que provenga de la lengua provenzal de Oc --también llamada occitano-- en la cual amainà significa amansar, ‘domesticar un animal’, así como el francés antiguo amaisner. La palabra francesa se deriva de maison ‘casa’, que procede, a su vez, del latín mansio. Vemos, entonces, que la noción de domesticar un animal se asocia con la idea de ‘adaptarlo a la casa’, como ocurre también en latín, lengua en la cual domesticare viene de domus ‘casa’.
Más tarde, hacia el siglo XV, amainar se empleó con el sentido de ‘recoger las velas’, como se observa en este trecho de Cristóbal Colón (Textos y documentos):

[...] y esto es todo manchado: un pedaço de roquedo y otro de arena, y por esto no se puede seguramente surgir salvo a vista de ojo, y por tanto acordé de amainar las velas todas, salvo el triquete, y andar con él, y de a un rato creçía mucho el viento y hazía mucho camino de que dudava, y hera muy [...].

Finalmente, hacia el siglo XVIII, tal vez porque las velas se recogen en las tempestades, amainar pasó a ser empleada con su denotación actual de ‘perder fuerza’ (la tempestad o el viento).