Ya habia solucionado el problema, pero igual queria leer la opinion tuya.
Lo que hice fue cambiar las condiciones mire:
Código PHP:
if (Base>Altura) {
JOptionPane.showMessageDialog(null," La Base Es Mayor Que Altura En Longitud \n\t");
} else if (Base==Altura) {
JOptionPane.showMessageDialog(null," La Altura Es Mayor Que La Base En Longitud \n\t");
} else {
JOptionPane.showMessageDialog(null," La Base Y La Altura Son Iguales \n\t");
}
Aunque la tuya tambien funciono y me gusta mas

, ya que la que yo mismo arregle no entiendo, porque pongo "else if (Base==ALtura) y la primera impresion es Altura>Base y el ELSE es la igualdad

eso pa mi no tiene logica.
Muchas gracias por tu gran ayuda en 2 veces.
Si algo seguire molestando, como dije "prefiero ser canson y pregunton y no callado y quedarme con las dudas."