Amigo Username... le recomiendo usar la particion primaria por lo menos de 40 Gb...

Esto porque aparte del S.O. se van a instalar los diferentes programas y aplicaciones q va a necesitar... y porque no se si lo dijo el colega, pero Windows necesita algo de espacio libre en la particion donde aloja el S.O.

Asi q arregle esas particiones, coloque la de 40 Gb primero y luego la secundaria de lo q le sobre en el HD, si es posible esa segunda hagala extendida.

Salu2