Como consecuencia de la aplicación de la nueva estrategia contraterrorista para la Pacificación Nacional, el MRTA ha sufrido duros fracasos en su estructura política y militar. Esto se comprueba analizando su actividad operativa en estos años en la que se observa una permanente disminución con respecto a 1990, que registra 596 acciones terroristas que aumentan enseguida a 680. A partir de esta cifra "récord" comienza una notoria declinación, 542, 254, 136, 75, para bajar en 1996 a 44 acciones, que representan apenas el 12% del nivel obtenido a inicios de la década actual.
La acción más significativa de este período y también de todo su historial, está representada en la incursión realizada el 17 de diciembre de 1996, dirigida por el cabecilla Néstor Cerpa Cartolini, junto con otros dirigentes del grupo, a la residencia del Embajador del Japón en Lima, en oportunidad de realizarse una recepción por el natalicio del Emperador de esa Nación. Se secuestraron inicialmente 500 personas, entre las que se contaban ministros de estado, congresistas, embajadores y varias personalidades del mundo político y social de Lima. Luego, a raíz de liberaciones efectuadas por razones de espacio y seguridad de los mismos terroristas, los secuestrados se redujeron a 72, entre los que estaban las figuras políticas y diplomáticas más destacadas.
La finalidad de esta arriesgada incursión era chantajear al Gobierno para lograr la liberación de 400 de sus militantes condenados por delitos de terrorismo. La repercusión mundial por este acto extremista fue de gran impacto y acaparó las primeras planas de todos los medios de información.
El 22 de abril, después de largas conversaciones y debido a la decisión del MRTA de rehusarse a permitir visitas médicas a los rehenes, las Fuerzas Militares Peruanas realizaron la más exitosa de las operaciones militares de rescate y lograron sacar con vida a 71 rehenes, lamentándose la pérdida de vida de uno de los rehenes y de dos oficiales, así mismo, murieron los 14 terroristas del MRTA.
El MRTA, ha quedado reducido a una mínima expresión y virtualmente descabezado. Desde entonces comienza su decadencia y su actividad se ve limitada cada vez más a secuestros de incautos y a la toma de poblados por unas pocas horas, con la finalidad de dar señales de vida, como sucedió en agosto de 1997 en Limacpampa, al norte del Perú, una pequeña localidad donde viven unas 1,000 personas. Ingresaron el domingo 10 por la noche unos 15 terroristas, pintaron las fachadas de la iglesia y de la municipalidad con lemas alusivos a su lucha armada, rindieron homenaje a su ex líder Rolly Rojas Fernández que estuvo entre los 14 emerrretistas abatidos en el rescate de la residencia del Embajador del Japón. La toma de Limacpampa, la conducía un terrorista apodado "Percy", que hace tres años comandó la toma de la ciudad de Rodríguez de Mendoza en la frontera con Ecuador.
Como consecuencia de la aplicación de la estrategia para la pacificación nacional el MRTA ha sido desarticulado en su estructura; le queda como último reducto una columna que centra sus movimientos entre las provincias de Chanchamayo (Junín) y Oxapampa (Pasco), departamentos de la ceja de Selva.
El 03 de nov de 1998 fue capturado el terrorista Filomeno Cerrón Cardoso o Remigio Huamán Ore (a) "Joel", número uno y jefe político militar del MRTA, en la selva del Huallaga. "Joel" quedó como cabecilla de la banda subversiva al entrar en la clandestinidad y refugiarse en el exterior los tres mandos del MRTA: Hugo Avellaneda, Isaac Velasco y Rodolfo Kleim.
Su Estructura Orgánica se basa en tres aspectos definidos: político, militar y el frente de masas, controlado por una dirección nacional.
Su Dirección Nacional es la máxima instancia de dirección y control del movimiento, integrado por seis miembros y liderado por Víctor Polay Campos. Ahora que está preso Polay, el MRTA estuvo dirigido por Néstor Cerpa Cartolini alias "Evaristo", como cabeza visible. Al momento ningún miembro ha tomado la dirigencia.
Organización Militar (FAR)
Es la forma como está estructurada su fuerza armada revolucionaria para derrocar al gobierno legalmente constituido. Considera una Comandancia General con su Estado Mayor, bajo un mando único que es la piedra angular en la construcción militar. La FAR le da consistencia a su organización y está integrada por : (El Ejército Popular Tupacamarista, Los Comandos Urbanos y Rurales, Las Milicias Tupacamaristas Urbanas y Rurales, Los Grupos de Autodefensa Urbanos y Rurales y La Comandancia General).
Intente agrupar a las organizaciones sociales, políticas y culturales a través de los Frentes de Defensa de los Intereses del Pueblo (FEDP’s), la Asamblea Nacional Popular (ANP) y otros afines, considera a: (Los Frentes de Defensa de los Intereses del Pueblo, La Unión Democrática Popular, La Asamblea Nacional Popular, El Bloque Popular Revolucionario y El Movimiento Patria Libre).
La Estrategia General fue el objetivo principal de la estrategia general, es la toma del poder inicialmente, para luego construir el socialismo, a fin de establecer el " Poder Revolucionario Popular", en el Perú (PRP).
El MRTA manifiesta que la lucha revolucionaria atraviesa por distintas etapas, las que necesariamente deben ser consideradas dentro de la formulación de la misma, estas etapas están consideradas por las diferentes correlaciones de fuerzas que se establecen entre ellos y el supuesto enemigo, pudiendo ser :
-"1ra Etapa, Defensa Estratégica". Se parte del hecho de que nosotros somos débiles y el enemigo fuerte. La orientación general de esta primera etapa es la acumulación de fuerzas.
-"2da Etapa, Equilibrio Estratégico". Este es un equilibrio relativo de las fuerzas en lucha. Aquí se polarizan las fuerzas, se busca aislar al enemigo, neutralizando a sus posibles aliados. La lucha armada, la guerra del pueblo, continúa en su desarrollo y pasa a ser "la guerra de movimientos" de fuerzas predominantes; la guerra se generaliza.