El espíritu con el cual se diseñó el sistema de particionados pequeños para "C:" y más grandes y como respaldo para otras, es para que el disco base sea freezado.

Tal como lo indica johandrg, los malwares atacan el system, independiente del disco físico en que se encuentran alojados, es por ello que se diseño el sistema donde se deja una partición pequeña en "C:" solo para la instalación del SO y programas comunes (esta partición se freeza o congela posterior a las instalaciones) cosa que al entrar cualquier malware al sistema, al reiniciar el equipo vuelve en forma automática a su estado normal u original.

Es importante tener en cuenta que para este tipo de particiones que se congelan (ya que para eso se crean) no es necesario instalar un antivirus grande, basta con uno que no sea residente y que lo puedas actualizar sin problemas; este comúnmente se instala en la partición secundaria o sin congelar al igual que los juegos y programas de gran tamaño que no contengan malware y que no requieran de conección a internet.

No recomiendo el PMagic ni otros similares, ya que estos comunmente trabajan desde el mismo windows. Para ello es conveniente trabajar desde fuera. Para ello existen herramientas de linux booteables desde CD como GParted Live CD el cual te permite formatear, crear, modificar y mover tus particiones, de la misma forma, crear un respaldo previo de tus particiones.

Antes de esto, es importante desfragmentar los discos. No está demás en indicar que la desfragmentación no es sinónimo de que te va a dejar todos los archivos amontonados en un solo espacio del disco, esto solo hace que los bit queden cercanos en los cluster pero no todos en un mismo rincon del disco.

Saludos y un abrazo a la distancia.