Los zombies invaden la Tierra 616 - el Universo de Marvel establecido -. Entrando por la Conexión de Realidad, en Florida. En el sitio los miembros de la iniciativa, Siegel (un cyborg), Jennifer Kale (una hechicera), Wundarr (el aquariano) y el Conquistador (un soldado de los tiempos de la conquista española que tomo el agua de la eterna juventud), investigan los recientes ataques reportados; ellos ven a lo lejos un grupo de personas caídas cerca a una cabaña, el líder del grupo, Siegel, se acerca a uno de las personas caídas para ayudarlo, pero tal es su asombro al darse cuenta que se trata de un humano zombificado quien lo muerde en el cuello. Un grupo de zombies salen atacando a los héroes y matando al Conquistador. Cuando parece que los dos sobrevivientes del grupo han destruido a todos los zombies aparece un Deadpool zombificado, el cual hiere a Kale y muerde a Wundarr, Kale mata a Deadpool arrojándolo a las helices de una lancha. Para evitar la infección Wundarr se pone en un estado de invernación, haciendo que alrededor del se forme como una especie de capullo. Cuando parece todo terminado Siegel zombificado que se arrastra por el suelo buscando devorar a Jennifer, ella está en un estado de shock al ver a su compañero convertido en un zombie y no atina a destruirlo finalmente ella se salva por que su ordenador interno detecta el virus alertando a A.R.M.O.R.
El Hombre Máquina y Jocasta aceptan una misión de A.R.M.O.R. para viajar al universo de Marvel Zombies para encontrar el ADN de un humano no infectado; el portal los transporta al mundo zombie. Es revelado que Michael Morbius, uno de los científicos que trabajan con A.R.M.O.R., es en realidad uno de los Marvel Zombies que se ha substituido por el verdadero Morbius, ocultando al verdadero Morbius en secreto. El zombificado Morbius es parte de una conspiración muy grande que amenaza al Universo Marvel o como Morbius regocijadamente dice " para extender el evangelio ", repitiendo el sentir hecho anteriormente por el zombificado Reed Richards en Marvel Zombies: Death Days, de iniciar tal plan de zombificar todo el Universo. Aaron y Jocasta son transportados a New Wakanda en el Zombieverso, pero son atacados por zombies Falcon, Ángel, Beak, y The Vulture.
El El Hombre Máquina sin embargo, hace un rápido trabajo contra los enemigos derrotándolos fácilmente. En otra parte más dos superbandidos zombies devuelven las latas de alimento (y la comida para gatos) de áreas remotas para rendir homenaje a un Kingpin zombi. Jocasta se repara del daño que ella sostuvo durante la lucha por Aaron. Ellos encuentran lo que piensan es los últimos vestigios de humanidad en el zombieverso, pero la Gente es de hecho reproducciones, generadas por los recursos de Kingpin, y usada como un bufete, para los zombies Inhumanos. Kingpin, al que le dispararon y asesinaron por Punisher antes y luego se convirtió en un zombi, ha formado una alianza con otros superhéroes zombificados y bandidos de aquel universo, inculcándose como su nuevo líder.
El Hombre Máquina observa matanza y Jocasta tropieza sobre la esposa de Kingpin, que no ha sido afectada por la plaga zombie. Ella dice a los dos que Kingpin la mantiene en su caja fuerte, y que los ofrecimientos de alimentos a Kingpin eran para ella. Ella permite a Jocasta conseguir una muestra de sangre, pero decide quedarse para estar con su marido, y los dos comienzan a volver a la zona de gota. Mirando a los muertos y los cuerpos muriendo en un hoyo, el Hombre Máquina momentáneamente los visualiza como robots. La identificación de la matanza como el modo que él ve a la gente tratar como una forma de vida artificial, él seperates él mismo de Jocasta, entra en el modo de batalla y ataca a los zombis.El zombi Doctor Extraño aparece, habiendo sobrevivido la defensa de Magneto cuando él fue aplastado bajo un montón de coches. Extraño utiliza su capacidad de ver en otras dimensiones ve las operaciones de A.R.M.O.R . sobre la Tierra 616, con el Hombre Maquina.Kingpin explica que Morbius es en realidad de su universo y trabajando como un doble agente, que ha secuestrado el Morbius de la Tierra 616 y usando Deadpool para crear una distracción.
Él revela sus proyectos verdaderos en los cuales su Morbius inoculará los superhéroes de 616, pero en realidad los infectará por el ADN prueban Jocasta obtiene. Mientras tanto atrás en A.R.M.O.R., un miembro de equipo femenino encuentra al verdadero Morbius cautivo justo antes de que la versión infectada la atacara.De vuelta al Zombieverso, el Hombre Máquina sigue luchando y rápidamente para masacrar al infectado Ghost Rider trata de atacar pero él es derotado rápidamente. El Hombre de Máquina se escapa con su motocicleta, tal como varios de los superhéroes zombificados y la persecución de bandidos después.
Mientras tanto, el agente de A.R.M.O.R. que debe recoger Jocasta y el Hombre Máquina vuelve, sólo encontrando a Jocasta y ellos están a punto de volver. El Hombre Máquina, mucho peor, casi habiéndose destruido completamente cuando la motocicleta de Ghost Rider explota en la batalla, llama para ella.
Jocasta y Portal logran volver a A.R.M.O.R., no sabiendo que esto ya se han caído por los zombis. Cuando Jocasta va a dar la muestra a Morbius, ella encuentra su versión de zombi que come varios cuerpos. Portal le pide proteger las bahías teleporter y asegurarse que los zombis no las usen para escaparse; lamentablemente, un zombi fue capaz de tener acceso al teleporters a una ubicación arbitraria.
Más tarde, en el Zombiverso, nosotros vemos que un grupo de zombis ha encontrado al Hombre Máquina y como ellos están a punto de destruirlo, se revela que sus restos son en realidad un holograma, y que él esta intacto y mata el grupo de zombi, dejando sólo la versión de zombi de Lockjaw, quien Hombre Maquina usa a teleport para volver a A.R.M.O.R., donde él rápidamente tiene cuidado con los zombis de allí, pero él es atrapado de guardia por el zombi Morbius, que al final es matado por 616 Morbius. El dúo es reunido por Jocasta y Portal. Jocasta y el Hombre Máquina se reconcilian y se besan. Todos esto está siendo mirado por el zombi Black Bolt, que declara es para lo mejor. Comversando un poco demasiado para el gusto de Kingpin. Un zombie Doctor Extraño informa en su propia lengua al Black Bolt, que él recuerda una última ortografía con la necrosis que pudre su cerebro. Entonces llueve la maná del cielo. Black Bolt declara que esto no es la carne pero ellos pueden alimentarse de ello, pero es demasiado tarde, Kingpin ya ha dado de comer a su esposa, declarando que él come cuando lo alteran.
Pero es declarado al final que no esta terminado, primero Jocasta y el Hombre Máquina han sido convocados por SHIELD, posiblemente para el principio de la Invasión Secreta, entonces es revelado que alguien usó el teleporters para evitar la base. Morbius se ofrece para formar y conducir un equipo para tratar con esto. El director acepta su oferta y le pregunta quién son los miembros del equipo. Morbius entonces declara que su antiguo grupo, Midnight Sons , deben volver.
La historia continua en Marvel Zombi 4: Midnight Sons





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