A partir de este momento brotan dos teorías que caminan en sentidos opuestos, y que voy a relatar a continuación:
La primera indica que después de la escavación, los templarios regresaron a Francía con las manos vacías de tesoros, pero con los conocimientos arquitectónicos que darían pie a nuevos conocimientos y a un nuevo modo de construír, el gótico, gracias a los textos de Toth -divinidad egipcia- y que estarían en el antiguo enclave.. Pero nunca encontraron el mítico objeto.
En 1989 un periodista británco hizo una declaración impactante. El Arca nunca había sido perdida, en realidad estuvo escondida durante cientos de años en un templo humilde cavado en roca, donde había sido trasladado secretamente. Incluso pudimos ver una entrevista al custodiador de dicho tesoro. Este declaraba, que fue elegido por su antecesor y que durante generaciones se había mantenido en secreto la existencía del Arca.
Según la Biblia, en tiempos de Salomón, Jerusalén era visitada por la reina de Saba. Y los etíopes creen que era una reina etíope. Pues bien, cuenta la leyenda que de la unión de Salomón y la reina de Saba, nació Menelik I, primer rey de Etiopía. Pero años más tarde habría sido enviado a casa de su padre en Jerusalén para recibir educación, pronto Melenik regresaría a Etiopía con el primer hijo del sumo sacerdote. La tradición continua, diciendo que llevaron consigo el Arca y la colocaron en un templo en la isla de Elefantina (Egipto), donde permaneció durante 800 años. Luego cuando fue cuando se transportó a Axum, donde está desde entonces.
Curiosamente durante años el Arca es el icono central del culto y adoración cristiana en Etiopía, y cada una de las iglesias etíopes contienen una réplica del Arca de la Alianza.
Otra teoría, nos dice, que cuando regresaron a Francia, los caballeros fueron custodiados por gran número de templarios. El propio San Bernardo reconoce que la misión ha sido cumplida.¿Para que escoltar ahora a estos caballeros?. Sin duda llevaban consigo algo particularmente valioso.
En la obra de Louis Carpentier, "El enigma de la catedral de Chartres - publicado en España en 1969 -", se comenta la curiosa disposición arquitectónica de la catedral, coincidente en ciertos aspectos con el desaparecido Templo de Salomón, y con las grandes construcciones egipcias. Todos estos conocimientos se habrían aprendido al encontrar durante la excavación los libros de Toth, que desvelaban secretos ancestrales de los egipcios. Por otra parte, en el interior de la gran pirámide concretamente en la cámara del rey, se puede ver hoy en día un sarcófago de granito del cual los historiadores dudan mucho que fuese el recipiente de la momia del faraon Keops, pero que si, sorprendentemente tiene las medidas interiores exactas a las del Arca de la Alianza, que Yavé mandó construir a Moises, quien sin duda había sido formado en la corte de los faraones, y partícipe de las ciencias y secretos más ocultos de esta antigua y enigmática civilización. Ya que según las sagradas escrituras fue educado como hijo de faraones.
Por otro lado, Louis Carpentier, continua diciendo que en Chartres, Francia, hay una losa rectángular, cuya blancura resalta sobre el color grisáceo del enlosado, y que está marcada por una espiga de metal brillante, ligeramente dorado. Pues bien, nos dice que cada año, el 21 de Junio, un rayo de sol cae exactamente sobre la blanca piedra, ¿casualidad o ciencia?, para algunos esta piedra podría esconder sino el arca, si algún mensaje del lugar donde podría estar oculta la verdadera Arca de la Alianza.
Esto no nos dice mucho, pero si lo reforzamos con que en el pórtico norte de dicha catedral, curiosamente llamado de los Iniciados, existen dos columnas pequeñas en cuyo relieve esculpido ostentan, una, la imagen del transporte del Arca en un carro de bueyes, con la leyenda Archa cederis ("Cederás por el Arca"), y la otra muestra a un hombre que la cubre con un velo, junto a un montón de cadáveres entre los que se halla un caballero templario. Sin hacer falta que digamos que la catedral es de estilo gótico y de origen templario.