En comics (la verdad leo mas comics americanos que manga):

Kal-El (Superman Moderno) y Kal-L (SUperman de tierra 2) contra Superboy Prime... del putas.
Superman contra Darkseid cuando este penso que habia matado a SUpergirl y ayudado por la energia del sol encierra a Darkside en la fuente/the source wall.
Odin vs Set, con desturccion de varias galaxias y dimensiones que Odin reconstruyo luego con facilidad.
Thanos vs Darkseid en Marvel vs DC.
Hulk vs Sentry (asi este me caiga mal)en World War Hulk.
Garen Malek vs Darth Vader en el comic de The Force Unleashed (aun mejor que en el juego).
Exar Khunn vs Ulic Quel Droma en Star Wars
Darth Sidious vs Luke y Leia en Dark Empire.

Anime:

Goku vs Freezer.
Goku vs Majin Vegeta.
Seiya vs Shiryu.
Shaka vs los otros tres dorados.