Existen software para eso, dsd el + sencillo hasta el + complejo ....

Este es uno:



XSubMuxer / español.

Para descargarlo da click aqui. http://rapidshare.com/files/77570072/XSUBMuxerSetup-1.0.0.30.rar

Les dejo unos screenshots con la configuracion que yo uso.


En donde dice la lista de subtitulos, de preferencia agreguen de uno por uno ya que en la primer ventana tienes que elegir el idioma y si pones dos subtitulos en un solo idioma se hace un show.