Matthew Miller nació en West Chester (Pennsylvania, Estados Unidos) el 30 de junio de 1979, que según el calendario judío corresponde al 5 de Tamuz de 5740 [Tamuz es el décimo mes del año según el cómputo de los meses desde la creación del mundo. Su signo corresponde a Cáncer]. Poco después, su familia se trasladó a Berkeley (California) y más tarde a White Plains (Nueva York). Sus padres lo enviaron un par de veces a la semana a un colegio hebreo pero, como muchos chicos, estuvo a punto de ser expulsado por rebelde. A los 14 años, Matthew Miller se había acomodado a un fácil estilo de vida hippie-adolescente. Era fan de Grateful Dead, se dejó crecer rastas, tocaba los bongos y aprendió a imitar una caja de ritmos desde los últimos pupitres de la clase. Después de casi incendiar su clase de química, decidió ir a un viaje de acampada a Colorado. En las Montañas Rocosas, lejos de la vida urbana de White Plains, Matisyahu afirma que descubrió su Dios.
Su curiosidad espiritual lo llevó a Israel en un viaje que significó un punto de inflexión en su vida. Matisyahu aprovechó el tiempo rezando, estudiando y pensando en música en Jerusalén. Su dormida identidad judía afloró a su consciencia y a su regreso acudió a un instituto en Bend (Oregon), introduciéndose en el reggae y el hip hop. Todas las semanas iba a un local de aficionados donde rapeaba, cantaba, le daba a la caja de ritmos y se mantenía activo creativamente. Fue entonces cuando empezó a desarrollar el sonido reggae-hip hop que hoy es su marca registrada.