Sinopsis:
La trama del juego se desarrolla en un mundo llamado Gaia, en el cual la reina de un país llamado Alexandria, la Reina Brahne, parece haber perdido el juicio y desea hacerse con el poder absoluto dentro y fuera de su continente: el continente de la niebla. Zidane Tribal(Yitán en la version española), protagonista del juego, viaja a ese país para presentar una obra teatral en el castillo, pero en secreto reciben la orden de secuestrar a la hija de la Reina Brahne, llamada Garnet, para hacer entrar a su madre en razón. La chica se deja secuestrar, y junto con el protagonista, un mago negro llamado Vivi y un general del ejército deciden refugiarse lejos. Más adelante se comienza a descubrir que detrás del extraño y maléfico comportamiento de la Reina se esconde un individuo llamado Kuja, y también se sabrá de una conspiración llevada a cabo llevada acabo desde hacía años.