South of Heaven (1988-1989)

South of Heaven, lanzado en 1988, marcó un cambio musical leve. En contraste con la agresividad presente en Reign in Blood, disminuyeron la velocidad de los tiempos en algunas canciones, agregando elementos como las guitarras no distorsionadas y atenuaron los estilos vocales no oídos en álbumes anteriores. Algunos críticos los elogiaron al demostrar su deseo de crecer musicalmente y evitar ser repetitivos. Pero los nuevos sonidos decepcionaron a algunos de sus fans quienes estaban acostumbrados al estilo de sus anteriores discos. Aunque los fanáticos siguen divididos en el tema, dos canciones del álbum ("Mandatory Suicide" y "South of Heaven" se han convertido en permanentes adiciones a la lista en vivo. Hanneman declaró al respecto: "No podíamos mejorar Reign in Blood, por lo que tuvimos que ralentizar. Sabíamos que cualquier cosa que hiciéramos iba a ser comparada con Reign in Blood, y me acuerdo que finalmente ralentizamos. Era raro; nunca habíamos hecho eso en un álbum, ni antes ni después".[11] South of Heaven se convirtió en su época en el disco más vendido de la banda, debutando en el puesto 57 del Billboard 200,[15] y alcanzando por segunda vez en la carrera de la banda un disco de oro en EE.UU.[16]

Seasons in the Abyss (1990-1993)

Slayer volvió al estudio en 1989 con el productor Andy Wallace para grabar la continuación de South of Heaven. Seasons in the Abyss fue un regreso al sonido de Reign in Blood, aunque permaneció ligeramente un sonido más melódico heredado de su trabajo antecesor.[17] El disco salió a la venta en 1990 en el nuevo sello de Rick Rubin, Def American Records, quien se había separado de Def Jam por diferencias con Russell Simmons, co-propietario de la marca. Seasons in the Abyss debutó en el puesto 44 del Billboard 200,[15] y alcanzó el disco de oro en 1992.[16] El videoclip de la canción homónima al disco, segundo de la carrera de Slayer, fue grabado en las pirámides de Egipto poco antes de la Guerra del Golfo. De este disco se destacan temas como "War Ensamble", "Seasons In The Abyss", "Spirit in Black" y "Dead Skin Mask". Técnicamente hablando, se dobla la voz de Tom en "Temptation" y se incorpora la voz de un niño en "Dead Skin Mask" (canción que trata sobre el asesino en serie estadounidense Ed Gein).

Con el objetivo de presentar el disco, Slayer se unió a grupos de la talla de Megadeth (acabando así con sus pasadas diferencias), Anthrax, Testament, Suicidal Tendencies o Alice In Chains, donde grabaron un disco doble en vivo llamado Decade of Aggression en 1991, como celebración de los diez años de existencia de la banda. El álbum alcanzó en su primera semana el puesto 55 de la lista de la revista Billboard.

En mayo de 1992, Dave Lombardo dejó la banda debido a conflictos con sus miembros, ya que Lombardo quería llevar a su mujer de gira con la banda,[18] para formar Grip Inc. Su sustituto fue Paul Bostaph, quien había militado anteriormente en Forbidden. Su debut con la banda acaeció en 1992, en el Monsters of Rock en el castillo de Donington, Reino Unido.
Divine Intervention (1994-1995)

Slayer editó su siguiente disco en 1994, después de un descanso de dos años, bajo el nombre de Divine Intervention, en lo que se convirtió en el primer trabajo con Bostaph en las filas de la banda. El disco se convirtió en su época en el más vendido de la discografía de la banda al llegar en su primera semana al octavo puesto del Billboard 200.[15] Divine Intervention contiene canciones acerca del genocida nazi Reinhard Heydrich (el título "SS-3" se refiere al número de placa de su automóvil) y del asesino en serie Jeffrey Dahmer (el título "213", se refiere al número del departamento donde violó y asesinó a diecisiete víctimas). El resto de la temática del disco gira en torno a los asesinatos en serie y la religión cristiana.
Como promoción del disco, Slayer comenzó una gira mundial en 1995 con Biohazard y Machine Head, en el que se grabó el álbum en directo Live Intrusion que contiene una versión del tema de Venom "Witching Hour" junto con Machine Head. Desde entonces, las relaciones entre Slayer y Machine Head se han ido deteriorando progresivamente.[19] Una vez finalizada dicha gira, Slayer se embarcó en el festival Monsters of Rock como cuarta cabeza de cartel por debajo de Metallica.

Undisputed Attitude (1996-1997)

Undisputed Attitude (1996) fue un conjunto de versiones de hardcore punk de grupos como Minor Threat, T.S.O.L., D.R.I., The Stooges o Verbal Abuse, entre otros artistas. Este disco contiene también tres canciones originales, "Gemini", "Can't Stand You" y "Ddamm", escritas por Hanneman para un proyecto paralelo llamado Pap Smear. Paul Bostaph dejó la disciplina del grupo poco después de la edición del álbum para formar su propio proyecto, The Truth about Seafood, por lo que se contrató a John Dette (ex de Testament) para suplir su marcha. Ya con todas las plazas cubiertas, Slayer lideró en 1996 el festival Ozzfest junto con Ozzy Osbourne, Danzig, Biohazard, Sepultura y Fear Factory. Dette fue despedido antes de acabar la gira debido a discusiones con el resto de miembros de la banda, y Paul Bostaph regresó para cubrir su partida.[20]

Ese mismo año, 1996, los padres de Elyse Pahler, cuya hija había sido asesinada recientemente, acusaron y demandaron a la banda arguyendo que el contenido de las letras de Slayer alentaron a los asesinos de su hija.[21] La chica fue drogada, estrangulada, torturada y violada antes de ser sacrificada al diablo por tres fans de la banda.[21] La causa fue desestimada en el año 2000 debido a la decisión del juez, quien se remitió a la "existencia de libertad de expresión" y expuso que el contenido de las letras del grupo son un plan de marketing. Una segunda demanda fue interpelada por la familia, esta vez contra la banda, la compañía distribuidora de sus discos y el sello discográfico, pero resultó desestimada de nuevo.[22]