Extracción del contenido del archivo Matroska
Lo primero de todo es descomprimir el Mkvextract GUI en el mismo directorio del MKVmerge. Ejecutarlo y aparecerá algo como lo de abajo:

En Matroska file abres el archivo matroska a convertir (es aconsejable que no el nombre no tenga espacios ni letras como la ñ, así que aconsejo cambiarle el nombre e incluso el directorio por si va bien).

Output Dir se utiliza para indicar donde guardar los datos extraidos.

Cuando se abra el archivo matroska, aparecera el contenido del archivo (el ejemplo utilizado es el video de la sección samples).



Aquí se selecciona las cadenas que interesan convertir (por ejemplo track 1 que contiene el video y track 2 con el audio en español), marcando la casilla correspondiente.



Ahora solo hay que pulsar Extract y se extraerán los datos al dierctorio indicado.