El protagonista de la serie es Kimihiro Watanuki (四月一日君尋 Watanuki Kimihiro), un estudiante de instituto que está constantemente asediado por monstruos, fantasmas y espíritus que se sienten atraídos mágicamente hacia él. Estos monstruos son invisibles para las personas sin poderes, por lo que los demás lo tachan de extraño o loco cuando es asediado por los espíritus. Todo cambia cuando entra en una tienda en la que venden deseos.
La tienda pertenece a la atractiva Yūko Ichihara (壱原侑子 Ichihara Yūko), una poderosa bruja del Japón actual. Ofrece a Watanuki la posibilidad de que deje de ver los fantasmas y criaturas si paga un precio de igual valor que la energía que ella requiere para realizar dicha labor. Watanuki al vivir solo, pues sus padres murieron en un accidente muchos años atrás, no tiene dinero, pero Yuko le ofrece encargarse de las labores domésticas de la tienda así como del ocasional trabajo extra, hasta haber trabajado lo suficiente para concederle su deseo, cosa que parece no ocurrir nunca.
Poco después, otras personas se ven involucradas con el trabajo de Watanuki, incluyendo a su interés romántico, Himawari Kunogi, y a su (auto impuesto) rival, Shizuka Dōmeki. Los tres forman una amistad, pese a las aseveraciones de Watanuki de odiar a Dōmeki y a la actitud indiferente de este. Otro tema recurrente en la trama del manga es el cambio que sobrevendrá en Watanuki debido a las experiencias que viva tras conocer a una persona. Si esta persona es Yūko o es Dōmeki, aún no se sabe. Sin embargo, ya ha sido sugerido sutilmente que esta vinculado a ambos y que su relación con ambos estaba predestinada.
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