The Black Album
Su siguiente trabajo, llamado Metallica pero mejor conocido como The Black Album, considerado por la crítica como la obra maestra de Metallica, se haría esperar hasta el año 1991. Fue producido por Bob Rock, conocido por su trabajo junto a la banda Bon Jovi, entre otros. Con canciones como Enter Sandman, Holier than Thou, Sad But True, The Unforgiven y Nothing Else Matters, vendió más de 500.000 copias en su primera semana en EE.UU., llegando al primer puesto en la lista del Billboard debido a su carácter más comercial. Sólo en EE.UU., la RIAA certifica 14 millones de copias vendidas desde su salida a la calle. El nombre popular del disco, The Black Album (El álbum negro), viene de la portada del disco, que sólo contiene el logo de Metallica en la esquina superior derecha y una serpiente en la esquina inferior izquierda, todo ello bajo un fondo negro. Esta portada fue explicada posteriormente por Hetfield, quien dijo que la banda quería que la gente se fijase en la música del CD, y no en el simbolismo ni en la portada del trabajo.
Luego de esto, la banda realizó la gira "Wherever I may roam", que duró 2 años. Después de esta gira, se inició un nuevo tour junto a Guns n' Roses, el otro grupo rock que por entonces tenía más éxito. Durante la gira, el 8 de agosto de 1992 en Montreal, Canadá, la actuación de Metallica terminó abruptamente cuando durante la canción Fade To Black un fuego artificial explotó debajo de James Hetfield, dejándolo con graves quemaduras. Posteriormente la actuación de Guns N' Roses fue suspendida, debido a la afección de garganta de Axl Rose. La breve actuación de Metallica y la cancelación del show de Guns N' Roses provocó la ira de los fans, que causaron múltiples destrozos y algunos heridos.
En 1993, la banda editó el box set Live Shit: Binge and Purge, que contiene tres CD's y dos conciertos en vídeo grabados en Ciudad de México y en Seattle.
Load/Reload y Garage Inc.
The Black Album marcaría un punto de inflexión en la carrera musical de Metallica, y sus dos discos consecutivos titulados Load (1996) y ReLoad (1997), de estilos idénticos entre sí ya que estaban pensados para formar un mismo álbum doble, están totalmente dominados por un sonido que muchos antiguos seguidores consideraron como comercial y muy domesticado con letras más suaves, en un estilo más cercano al rock alternativo que triunfaba en aquella época.Quizás el cambio más chocante para sus fans fue el cambio de imagen: se cortaron las melenas y cambiaron el fácilmente reconocible logotipo que identificaba a Metallica. Esto se vio también reflejado en el cambio de sello discográfico, ya que las relaciones entre Elektra Records y la banda finalizaron después de casi diez años cobrando sólo un 14% de los beneficios netos de Metallica. El éxito de ambos álbumes no fue tan contundente como el del álbum negro. Toda una nueva generación de adolescentes se convirtió en fans de Metallica, al mismo tiempo que muchos de sus antiguos fans se veían en gran medida "traicionados" por la nueva dirección tomada por el grupo, lo que desde entonces lleva alimentando una gran polémica. Como curiosidad cabe destacar que las portadas de ambos discos, Load y ReLoad, ilustran una mezcla de semen y sangre de oveja en Load, y una mezcla de sangre de oveja y orina en ReLoad. La idea original es del fotógrafo Andres Serrano, quien tomó además las fotos.
En los premios Grammy entraron por primera vez en la categoría Heavy Rock en vez de Heavy Metal, como ocurría antes del mencionado Load. Ese mismo año la banda finlandesa Apocalyptica debutó con su tributo a Metallica Plays Metallica by Four Cellos, que era básicamente un álbum con covers de Metallica tocados únicamente con violonchelos.
El 1998 realizarían un nuevo trabajo similar al Garage Days Re-Visited titulado Garage Inc., aunque esta vez sería un álbum doble cargado de versiones de temas de estilos bastante diversos que influyeron a la banda en su ya dilatada carrera. Mientras que el disco uno tenía covers grabados para el lanzamiento del álbum, el disco dos contenía íntegros el Garage Days Revisited proveniente del single de Creeping Death, y el Garage Days Re-revisited, además de varias versiones provenientes de caras B y un extracto del concierto de versiones de Motörhead que Metallica dio en el 50 cumpleaños de Lemmy el 4 de diciembre de 1995 en el Whiskey-A-Go-Go. El cover Whiskey in the Jar de Thin Lizzy resultó ganador de un premio Grammy en la categoría de Mejor Interpretación de Hard Rock en 2000.
Al año siguiente (1999) grabarían en un concierto en directo, titulado S&M, en colaboración con la Orquesta Sinfónica de San Francisco, dirigida por Michael Kamen, quien había hecho los arreglos de orquesta para Nothing Else Matters en el Black Album. En este álbum doble se experimenta la mezcla entre música de canciones de Metallica con arreglos orquestales. Además, se presentarían dos nuevos temas especialmente compuestos para la ocasión, No Leaf Clover y - Human, extrayéndose el primero de ellos como segundo single del disco.
El episodio Napster
En abril de 2000, Metallica demandó a Napster, la compañía que lanzó el programa homónimo que permitía el intercambio de música en formato MP3, por violación de los derechos de autor, pues una versión de la canción, todavía en proceso para la película Misión Imposible II se escuchaba en la radio de los Estados Unidos. Dos semanas después, Dr. Dre también demandaba a Napster. En 1999, Napster ya había sido acusada por la RIAA de violar leyes de propiedad intelectual y servir de asilo para la piratería musical en internet, además de que algunas universidades habían pedido prohibir a Napster, pues disminuía la velocidad de sus redes.
Para mayo de 2000, Napster bloqueó las contraseñas de más de 35 mil usuarios proporcionada por Ulrich y que habían obtenido canciones de Metallica. Chuck D., The Offspring, Limp Bizkit y Courtney Love hablaron a favor de Napster y advirtieron sobre la oportunidad que significaba para consumidores y artistas. Para Chuck D., Napster era una reacción, "el fenómeno musical más grande desde los Beatles", "la industria se ha ufanado en guiar a las audiencias; por primera vez los fans han tenido la tecnología antes que la industria".
En su defensa, Napster alegó que servía sólo como conducto de la información. En junio de ese año, la RIAA pidió eliminar de Napster todo el contenido perteneciente a las discográficas más importantes. En septiembre del mismo año, Metallica y Dr. Dre enviaron cartas a Harvard, Columbia y otras universidades para que restringieran el acceso a Napster. En octubre, Dave Matthews Band se convirtió en el primer grupo en permitir la distribución de una canción vía Napster, con la venia de su compañía.
La polémica cesaría en julio de 2001, al aplazar la banda todas las denuncias contra Napster alegando que estaba haciendo más mal que bien a la imagen del grupo.
St. Anger y Some Kind of Monster
En 2001 el bajista Jason Newsted, quien anteriormente (periodo Load-Reload) había tenido serias discusiones con los demás integrantes sobre sus proyectos fuera del grupo, abandonaría Metallica alegando desgaste físico y motivos personales.[9] Poco tiempo después, en la controvertida entrevista realizada por Playboy a todos los miembros de la banda por separado varios meses antes de la marcha de Jason, se descubriría que una gran parte de la marcha del bajista venía fundamentada por la rotunda negativa de Hetfield a la publicación del disco de Echobrain, la banda alternativa de Newsted. Tras un largo casting en busca de sustituto, sería remplazado por Robert Trujillo, quien fue bajista de Suicidal Tendencies, Black Label Society y Ozzy Osbourne en sus actuaciones en directo. Cabe resaltar que Jason Newsted, tras dejar Metallica, perteneció durante un tiempo a la banda de Ozzy, banda en la que militaba Mike Inez, ex de Alice in Chains y que se rumoreó como sustituto de Newsted.[17] Este mismo año se crea la banda tributo satírica, Beatallica, la cual fusiona la música de The Beatles y Metallica. Éstos tuvieron un problema legal con Sony, que tiene los derechos sobre el material de los Beatles, pero fueron ayudados por Lars Ulrich.