En uno de sus mejores momento Daniel Bocanegra recibió una noticia muy mala y que lo saca de la actividad por lo menos un mes, alejándolo así de las finales de la Copa Sudamericana del remate de la Liga Águila y de la convocatoria de la selección Colombia para los próximos encuentro frente a Chile y Argentina.
El parte médico del jugador de los 'verdolagas' señala que sufrió un desgarro de semimembranoso que se detectó después del duelo entre Atlético Nacional y Coritiba en Brasil cuando tuvo que salir sustituido, pero que el mismo jugador reconoció que desde el partido del pasado 13 de octubre de 2016 frente a Santa Fe por Copa Águila tuvo que salir por un dolor y un sonido que no fue normal.
La alta actividad y participación de Bocanegra en 2016 con Atlético Nacional y sus reciente inclusión en el grupo de José Néstor Pékerman con la selección Colombia pueden haber ayudado a este inconveniente, sin embargo en palabras del jugador a Antena2 Medellín el mismo Daniel explicó: "No creo que me haya afectado el trabajo con la selección Colombia, pero he tenido muchos partidos este año. En Brasil sentí que 'traqueó' la pierna, la resonancia mostró el desgarro".
Bocanegra fue llamado de emergencia por el seleccionado colombiano previo a los juegos con Paraguay y Uruguay por la lesión de Stefan Medina, ahora con su lesión podría ser el mismo Medina que ya reapareción con Pacucha de méxico quien ocupe el cupo como lateral derecho junto con Santiago Arias que ha sido el habitual de Pékerman en 'la Tricolor'.