Desde la creación de la civilización, él había sido venerado como un dios. Ahora, Apocalypse, el primer y más poderoso mutante del universo Marvel, acumuló el poder de muchos otros mutantes y se convirtió en un ente inmortal e invencible.
Tras despertar después de miles de años, Apocalypse es encuentra desilusionado al encontrar al mundo lejos de sus expectativas. Por lo tanto, encuentra y recluta un grupo de poderosos mutantes, incluyendo a un Magneto distinto, desilucionado, para limpiar la raza humana y crear un nuevo orden sobre el que él pueda reinar.
Como el destino de la Tierra pende de un hilo, Mystique con la ayuda del Profesor X debe guiar a un grupo de jóvenes mutantes, para detener a su más grande enemigo y salvar al planeta de su completa y total destrucción.