Las investigaciones concluyeron que solamente Clifton Wheeler podría haber ayudado a Joe en estas espeluznantes tareas, así que Wheeler fue detenido y llevado a San Antonio para su interrogatorio.

Al principio Wheeler negó tener conocimiento alguno de las acciones de Joe, pero tras todo un día de preguntas finalmente aceptó colaborar. Explicó a los agentes que Hazel Brown, una de las chicas de Joe, se había enamorado de otro hombre y estaba planeando irse para comenzar una nueva vida. La noticia y el que ella lo acusara de haber asesinado a Minnie hicieron que Joe perdiera los estribos y la matara. Para poder corroborar el hecho le pidieron que les mostrara en donde estaba enterrado el cuerpo.

Al día siguiente Wheeler los condujo a un sitio apartado, a unas tres millas de pueblo, cerca del río San Antonio. Ahí comenzó a cavar en un sitio en que la tierra estaba medio suelta y poco después descubrieron dos brazos, dos piernas y un torso en avanzado estado de putrefacción, cuando le preguntaron por la cabeza el señaló los restos de una hoguera. Entre las cenizas se encontraron una mandíbula, algunos dientes y pedazos de un cráneo humano.

Wheeler les contó que una noche, tras haber estado bebiendo copiosamente, Joe le había ordenado traer algunas cobijas y una lata de alcohol, después habían recogido del granero de su hermana un barril de 55 galones y en el auto de Joe lo habían llevado hasta el río. Una vez ahí Joe lo había obligado, a punta de pistola, a cavar una fosa y cuando abrieron el barril dentro estaba el cadáver de Hazel. Siempre bajo amenazas, lo había obligado a ayudarlo a desmembrar el cadáver. Una vez enterrado éste, Ball arrojó la cabeza de Hazel a la fogata.

Cuando lo interrogaron sobre Minnie Gotthardt, dijo que Joe la había llevado a Ingleside, cerca de Corpus Cristi, donde después de beber en cantidad, le había pegado un balazo en la cabeza. Joe la mató porque descubrió que estaba embarazada y no quería que esto interfiriera en su relación con Dolores. Ambos la enterraron en la arena.

El 14 de octubre de 1938 fue encontrado el cuerpo de Minnie donde Wheeler había dicho que estaría.

Cuando fue interrogado sobre la desaparición de las otras chicas negó saber algo al respecto. Wheeler se declaró culpable de complicidad bajo amenazas y fue condenado a dos años de prisión.

Entre las cosas que se encontraron el la taberna de Joe estaba un álbum con fotografías de docenas de mujeres, nunca se comprobó que Ball las hubiera conocido realmente, pero según el alguacil J. W. Davis, podría ser la pista de varios otros asesinatos.

En cuanto a Dolores, fue localizada varios meses más tarde en California, a donde había huido para comenzar una nueva vida. También fue encontrada en Phoenix, Arizona, otra de las chicas supuestamente desaparecidas. Los caimanes de Joe terminaron en el zoológico de San Antonio.

Las investigaciones concluyeron que la sangre y pelo encontrados en el hacha tomada de la taberna de Joe no eran humanos, pero muchas de las chicas desaparecidas jamás fueron localizadas. En 1957 Dolores declaró en una entrevista con el periódico San Antonio Light que Joe Ball era un hombre dulce y cariñoso que jamás haría daño a nadie que no le obligara a ello, además dijo que Joe había alimentado a sus caimanes con carne humana… La duda quedará por siempre…