Después de 13 años de trabajo y capacitación, que le valieron ser calificada por sus superiores como dueña de un comportamiento “superior y excepcional”, por su experiencia como coordinadora del grupo de inteligencia antinarcóticos en Cali y coordinadora del grupo nacional contra el narcoterrorismo, en 2005 fue escogida para una misión especial. El entonces general Jorge Daniel Castro dispuso que fuera ella quien liderara las pesquisas contra un grupo de narcotraficantes y delincuentes que venía actuando en el Tolima.
Semanas atrás, y luego de insistentes labores de inteligencia, durante un registro de la Policía en dos fincas situadas a las afueras de Ibagué se había encontrado un poderoso arsenal de origen desconocido. La primera tarea fue esclarecer que dichas armas habían sido entregadas por el bloque Tolima de las Autodefensas Unidas de Colombia a los narcotraficantes Eduardo Restrepo Victoria y Wílber Varela, para sostener la guerra que este último capo del norte del Valle venía adelantando con su rival Diego León Montoya Sánchez.
Sobre el capo Wílber Varela, alias Jabón, y su red criminal conocía muy bien la oficial Gómez Méndez por sus labores de inteligencia en Cali. En cuanto a las andanzas de Eduardo Restrepo Victoria, alias El Socio, constituían un misterio para las autoridades, pero se rumoraba con insistencia en el Tolima sobre su extraordinaria capacidad para corromper políticos o miembros de la Fuerza Pública. Además, se le atribuía responsabilidad en el crimen del veedor ciudadano Félix Eduardo Martínez, asesinado en Ibagué el 19 de enero del año 2003.
Las labores de inteligencia de la oficial Gómez Méndez y su grupo cuajaron a finales de marzo de 2005, cuando fue capturado en Ibagué un joven de escasos 21 años, natural de Planadas (Tolima), quien después de militar durante cuatro años en las Farc, se había cambiado de bando y entonces delinquía para las autodefensas. Se llamaba Róbinson Javier Guilombo Arroyo y desde el mismo momento en que fue requerido por la Policía, aceptó colaborar con información clave sobre los negocios, y vínculos de Eduardo Restrepo Victoria.
A partir de ese momento y durante varias jornadas, Guilombo Arroyo, en calidad de testigo directo por haber sido su escolta, se dedicó a contar las actividades de alias El Socio y su familia, describiendo lugares de encuentros con personalidades, homicidios, nexos con las autodefensas o envíos de droga, entre otros delitos. De esta manera, las autoridades empezaron a entender cuál era el recorrido delincuencial de Restrepo, de qué manera se había iniciado en el delito en Pereira y el norte del Valle y cómo se había asentado en el Tolima.
Poco a poco, la oficial María Elena Gómez Méndez, en apoyo a la Fiscalía, empezó a documentar de qué manera usaba a sus testaferros, qué negocios legales tenía como fachada, quiénes eran sus amigos influyentes en la política, la justicia o la Fuerza Pública, y de qué forma estaba aliado con el bloque Tolima de las autodefensas, que le brindaban protección a cambio de dinero. Los hallazgos de la oficial, sumados a las delaciones del testigo Guilombo Arroyo, causaron roncha en diversos sectores empecinados en tapar el escándalo.
Entonces sucedió algo inesperado. En septiembre de 2005 voluntariamente se entregó a las autoridades un extraño individuo que se identificó como Sergio D’Isidoro Vera, quien aseguró que había sido conductor de alias El Socio y de su familia, y que gracias a la confianza que ganó con el narcotraficante, empezó a ayudar en tareas de lavado de dinero o diseño de rutas para embarques de droga. La sorpresa vino cuando fue interrogado por colaboradores de El Socio y se despachó con una extensa lista de personajes públicos.
Desde políticos, funcionarios públicos o personajes de la farándula, hasta fiscales, procuradores u oficiales del Ejército y la Policía, la llamada “Lista de D’Isidoro” puso a temblar a más de un poderoso. Consciente de la dificultad de encarar por sí solo la investigación de casi 100 personajes, el fiscal Isnardo Barrero optó por compulsar copias para que todos fueran investigados. Sin embargo, con el correr de los días la propia justicia verificó que el personaje lo único que hizo fue tratar de enlodar a diestra y siniestra para entorpecer el caso.
Tiempo después fue condenado por narcotráfico y falso testimonio y aún permanece preso. En su momento hizo creer a las autoridades que alias El Socio era una especie de Pablo Escobar rodeado de políticos, militares, policías, jueces, alcaldes o funcionarios corruptos. Por fortuna, la oficial Gómez Méndez, con su grupo de trabajo y la dirigente gestión del fiscal Barrero, lograron depurar la lista y consolidar un contundente expediente judicial en el que, sin embargo, no faltaron personajes del poder político, social o económico.
A finales de 2005, las pesquisas de la oficial Gómez Méndez ya incomodaban en varios frentes, y ante las primeras amenazas fue necesario un estudio de riesgo personal. Al ser interrogada sobre su situación, manifestó sin esguinces que sus problemas de seguridad derivaban de sus operativos en el grupo de narcoterrorismo, por los cuales se habían despedido miembros de la institución policial. Además, resaltó que después de sus acciones contra El Socio había sido amenazada por el coronel (r) de la Policía Wilson Prada Vásquez.
A pesar de que el estudio de riesgo concluyó que éste era de carácter extraordinario, ella no se amilanó y, por el contrario, agudizó sus tareas investigativas alrededor de la familia y las amigas de Restrepo , hasta que lo pudo ubicar en una finca en Subachoque (Cundinamarca). En julio de 2006 logró su captura. Sólo entonces se supo que era natural de Pitalito (Huila), que había trabajado con el cartel de Tijuana en México, que su socio principal era Wílber Varela y que, efectivamente, era un experto en corromper funcionarios públicos.
Las amenazas contra la oficial Gómez Méndez siguieron al orden del día y los estudios de riesgo marcando el nivel de extraordinario. Sus problemas crecieron en la medida en que el testigo Guilombo Arroyo persistió en su colaboración con la justicia y aseguró que además del coronel (r) Hernando Chitiva, había un oficial de apellido Espinel que se encargaba de sobornar policías. En esa medida habló de un capitán Galvis, de un mayor Silva, de los sargentos Lozada y Lugo, e incluso de que se movía dinero para asesinar a la oficial Gómez.