En la mañana del 19 de julio de 1924, 130 policías y un grupo de civiles partieron desde Quitilipi hasta Napalpí, a 120 kilómetros de Resistencia, Chaco. El historiador Favio Echarri reseñó que el entonces gobernador del territorio chaqueño, Fernando Centeno, había ordenado: "Procedan con rigor para con los sublevados". Según datos de la Red de Comunicación Indígena, durante 45 minutos la policía descargó más de 5 mil balas de fusil sobre la reducción de Napalpí, palabra toba que paradójicamente significa "lugar de los muertos".
Pedro Solans y Carlos Díaz indican que el total de víctimas fue de 423, entre indígenas y cosecheros de Corrientes, Santiago del Estero y Formosa. El 90 por ciento de los fusilados y empalados eran tobas y mocovíes. Algunos muertos fueron enterrados en fosas comunes, otros sólo quemados. Se estima que lograron escapar 38 niños. La mitad fueron entregados como sirvientes en Quitilipi y Machagai, mientras el resto murió en el camino.
También se salvaron 15 adultos, entre ellos Melitona, una de las pocas mujeres que tuvo la fortuna de no ser violada.
El relato de los historiadores es desgarrador. En el libro "Memorias del Gran Chaco", Mercedes Silva señala que el mocoví Pedro Maidana fue muerto de forma salvaje: "Le extirparon los testículos y una oreja para exhibirlos como trofeo de batalla". Maidana había sido uno de los líderes de la huelga que derivó en la matanza.
Los aborígenes y criollos reclamaban una justa retribución por la cosecha de algodón o bien poder salir de la provincia para trabajar en los ingenios de Salta y Jujuy, que ofrecían mejor paga. Para la versión oficial se trató de una "sublevación indígena".