El general chileno Augusto Pinochet, quien falleció en 2006, fue señalado durante más de un cuarto de siglo como el responsable político de los asesinatos y desaparición de más de 3.000 opositores al régimen que encabezó entre 1973 y 1990.
El siguiente es un recuento de los principales casos registrados en los tribunales chilenos y de otros países:
- Primeros fusilamientos: cientos de personas son fusiladas de manera sumaria en los días siguientes al golpe, en medio del estado de sitio y el toque de queda.
- Caravana de la Muerte: en octubre de 1973, casi un centenar de sindicalistas y dirigentes de izquierda son ejecutados en Calama, Copiapó, la Serena y otras ciudades por una "Caravana de la Muerte", que encabezó el general Sergio Arellano.
- Asesinato de Prats: el antecesor de Pinochet en la jefatura del Ejército, el general Carlos Prats, muere asesinado junto a su esposa, Sofía Cuthbert, al estallar una bomba en su automóvil en una calle de la ciudad de Buenos Aires, donde se hallaba exiliado, el 30 de septiembre de 1974. En la capital argentina, en noviembre de 2000, fue condenado a prisión perpetua el ex agente de la Dina (Dirección de Inteligencia Nacional) Enrique Arancibia Clavel, como uno de los asesinos, el 22 de enero de 1996.
- "Operación Colombo": agentes de la secreta Dina difunden una lista de 119 miembros de organizaciones izquierdistas que habrían muerto en luchas internas. Investigaciones posteriores determinaron que todos ellos fueron detenidos y desaparecieron.
- Atentado contra Leighton: el exiliado líder democristiano Bernardo Leighton, ex vicepresidente de Chile, resulta gravemente herido junto a su esposa, cuando un desconocido dispara contra ellos en Roma, el 6 de octubre de 1975.
- "Operación Cóndor": agentes secretos de las dictaduras militares sudamericanas se reúnen en Santiago el 25 de noviembre de 1975, para poner en marcha un plan represivo con el propósito de eliminar a sus opositores. Cientos de ellos integran hoy las listas de desaparecidos en la Argentina, Bolivia, Brasil, Chile, Paraguay y Uruguay.
- Asesinato de diplomático: El cadáver del diplomático español Carmelo Soria aparece muerto a los pies de un cerro de Santiago, el 16 de julio de 1976, después de ser detenido por un comando de la Dina que encabezaba el coronel Jaime Lepe, según se estableció en el proceso.
- Asesinato de Letelier: el ex canciller socialista Orlando Letelier, líder opositor en el exilio, muere junto a su secretaria Ronnie Moffit cuando una bomba estalla bajo su automóvil en el centro de Washington, el 21 de septiembre de 1976. El general Contreras, jefe de la DINA, y el brigadier Pedro Espinoza cumplieron siete y seis años de prisión en Santiago desde mediados de 1995, como autores intelectuales del crimen, por el que en los Estados Unidos fueron encarcelados sus ejecutores.
- Los Hornos de Lonquén: tras una denuncia de la Iglesia Católica son descubiertos los cadáveres de 14 campesinos, sepultados en hornos de cal en una mina abandonada al oeste de Santiago, el 30 de noviembre de 1978. El juez Adolfo Bañados abre proceso por asesinato contra un grupo de policías, que se acogen a una ley de amnistía dictada siete meses antes.
- "Caso Tucapel": el líder sindical socialdemócrata Tucapel Jiménez aparece degollado en las afueras de Santiago, el 25 de febrero de 1982, tras ser apresado por agentes de la CNI (Central Nacional de Informaciones), al mando del mayor Alvaro Corbalán, según testimonios reunidos en el proceso.
- Asesinato de líder gremial: El dirigente democristiano de los transportistas, Mario Fernández López, muere en medio de torturas en un cuartel de la CNI (sucesora de la Dina), el 18 de octubre de 1984. El principal acusado, el mayor del Ejército Carlos Herrera Jiménez, fue condenado a 10 años de prisión.
- "Caso de los Degollados": el sociólogo José Manuel Parada, el profesor Manuel Guerrero y el dibujante publicista Santiago Nattino, miembros del proscrito Partido Comunista, aparecen degollados el 30 de marzo de 1985. La Justicia condena a prisión, en abril de 1994, a un comando de 15 agentes de la policía militarizada de Carabineros.
- "Caso de los Quemados": el fotógrafo Rodrigo Rojas muere quemado y la estudiante Carmen Gloria Quintana resulta con graves quemaduras, cuando una patrulla militar los impregna en combustible, el 2 de julio de 1986. En el proceso es condenado a prisión el teniente del Ejército Pedro Fernández Dittus.
- Asesinato de periodista: el periodista José Carrasco, editor internacional del semanario izquierdista Análisis, muere ametrallado el 8 de septiembre de 1986, un día después del atentado a Pinochet en el que perecieron cinco miembros de su escolta. En la misma acción de represalia son asesinados el obrero comunista Felipe Rivera, el profesor Gastón Vidaurrazaga y el publicista Abraham Muskatblit. El general (r) Humberto Gordon, ex jefe de la CNI, fue implicado en esos crímenes, y gozaba de libertad condicional cuando murió en junio de 2000.
- "Operación Albania": agentes de la CNI ejecutan a 12 miembros del clandestino FPMR (Frente Patriótico Manuel Rodríguez), los días 15 y 16 de julio de 1987, después de supuestos enfrentamientos en diferentes puntos de Santiago, según la versión oficial. La Corte Suprema, el 2 de enero de 1998, ordena reabrir el proceso por asesinato que apunta al ex mayor Alvaro Corbalán y otros agentes.