2000
La actualización del modelo en 2000 fue destinado a mejorar el manejo y la creación de una respuesta del acelerador más lineal. Utilizando los mismos componentes básicos y el diseño de los ingenieros de la multa afinado muchos detalles para maximizar el potencial de la motocicleta. Los cambios en los detalles más notables fueron los ajustes del carburador vez, la reducción de las pérdidas por fricción en el motor, caja de cambios mejorada y el peso de ahorro de muchos cambios en todo el modelo.
El silenciador se cambió de titanio y la carrocería de la moto era totalmente nueva.
Las emisiones se reducirán de acuerdo a los reglamentos de la UE-1 por un sistema de admisión de aire (AIS). El peso total se redujo a 175 kg.
2001
El año 2001 vio un color nuevo y gráficos esquema utilizado para mantener la YZF-R1 populares y hasta a la fecha.