Tras llevar varios meses fugado las autoridades colombianas crearon el "Bloque de Búsqueda", un cuerpo conformado por la Policía Nacional, el ejército y los cuerpos antidroga de Estados Unidos. El Bloque de Búsqueda se dio a la tarea de buscar a Escobar hasta que el 3 de noviembre de 1993 ayudados por los Pepes, el Bloque de Búsqueda a la cabeza del coronel de la Policía Hugo Heliodoro Aguilar rastreo dos llamadas que Escobar le hizo a su hijo. Al estar acorralado intentó escapar pero fue dado de baja junto a uno de sus sicarios alias "Limón". No obstante de su muerte existen varias hipotesis:

Pablo Escobar muerto


1. La más conocida: Fue acribillado por todo el Bloque intentando huir. Esta escena es representada por un cuadro de Botero.
2. Suicidio (alegada por la familia): Escobar se dio un tiro debajo de la oreja lo cual se vio en la exhumación del cadáver; se cree esta version por el lema de los extraditables: "Preferimos una Tumba en Colombia a una cárcel en Estados Unidos".
3. Francotirador: Un francotirador del grupo los "Pepes" le dio el disparo que tiene justo bajo la oreja.
4.El menos romántico: El Coronel Hugo Heliodoro Aguilar fue quien dio el disparo de gracia cuando Escobar intentaba huir.
La muerte de Escobar género distintas reacciones: sus protegidos y su familia lloraron su muerte, mientras la prensa y el gobierno lo consideraron un trofeo en la lucha contra las drogas y el principio del fin del trafico de estupefacientes, lo cual no fue así.