yo no trabajo con instalaciones de linux desde hace ya mucho rato, en mis tiempos se instalaba desde cd y el boteador era LILO, a mi no me toco que las unidades de usb pudieran ser boteables, por lo tanto te recomiendo instalarlo desde un cd...
si ya tenes windows instalado no tenes problemas siempre y cuando quede en una particion diferente, para iniciar, el LILO se encarga de gestionar el arranque y darte la opcion de elegir que sistema operativo queres iniciar, cuando si hay un poco de problemas, es cuando se instala windows en un computador ke ya tiene linux, ya que el booter de windows borra el lilo, por lo tanto toca re instalar el lilo.
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