ensaye con otro teclado para asegurarse que el problema sea ése, nunca he conocido un virus que afecte el funcionamiento del teclado en DOS o en el setup del pc
copie bien el mensaje que le sale y en qué momento, y póngalo aquí, pero estás como divagando mucho, adivinar queda bien complicado
además puede ensayar (para formateo) su disco duro en otro pc, podría ser más un problema de hardware del suyo, q no le reconoce el teclado